Sejarah berdirinya MTs Negeri 1 Kota Kota Prabumulih Prabumulih pada tahun 1980 merupakan wilayah Kabupaten Lematang Ilir Ogan Tengah yang ibukotanya Muara Enim, karena itu MTs Negeri ketika itu bernama MTs Negeri Muara Enim II yang terletak di Prabumulih.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 27 Tahun 1980, tanggal 31 Mei 1980 Tentang Relokasi Madrasah Negeri dan Pendidikan Guru Agama Negeri, maka pada tahun 1980 Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Muara Enim II kelas jauh yang berada di Prabumulih dijadikan Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Prabumulih Kabupaten Lematang Ilir Ogan Tengah dengan Kepala Madrasahnya Bapak A. Lawi, BA.
Di Kota Prabumulih hanya terdapat satu Madrasah Tsanawiyah Negeri yaitu Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Prabumulih yang berlokasi di Jalan Angkatan 45 Prabumulih dan berdampingan dengan SMP Negeri 2 Prabumulih, SMP Negeri 5 Prabumulih, SMP PGRI Prabumulih dan MTs Amal Bakti Prabumulih.
Adapun Jalan Angkatan 45 merupakan lokasi yang sangat strategis terletak di pusat Kota Prabumulih berada dilintasan jalan alternatif utama di Kota Prabumulih. Sejak didirikan pada tahun 1980, yang mulanya bernama Madrasah Tsanawiyah Negeri Muara Enim II kelas jauh yang berada di Kota Prabumulih, status gedung sekolah menumpang pada Madrasah Ibtidaiyah Nurul Islam Jalan Nusa Indah Kota Prabumulih hingga tahun 1981, setelah itu pindah ke gedung STM Patra Jalan A. Yani Komperta Kota Prabumulih. Baru pada tahun 1985 MTs Negeri Prabumulih menempati gedung sendiri di Jalan Raja Basa yang sekarang ini menjadi Jalan Angkatan 45 Nomor 283 Kelurahan Muara Dua Kecamatan Prabumulih Timur Kota Prabumulih.
Selanjutnya sejak tahun 2016 MTs Prabumulih berganti nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Prabumulih sesuai Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 676 Tahun 2016 tanggal 17 November 2016 perihal Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Sumatera Selatan. Perubahan nama MTs Prabumulih menjadi MTs Negeri 1 Kota Prabumulih resmi digunakan pada 30 Agustus 2017 sesuai surat edaran Kepala Kantor Wilayah Provinsi Sumatera Selatan, Nomor: B-1739/Kw.06.4/PP.00/08/2017, perihal perubahan nama Madrasah Tsanawiyah Negeri dengan Kepala Madrasah Drs. Masyani Tusin, MM.
Pada hari Rabu tanggal 16 Juni 2021 Kantor Kementerian Agama Kota Prabumulih mendapatkan hibah sebidang tanah dari Masyarakat Desa Pangkul yang dikuasakan kepada Saudara Jakaria Yadi, SH sebagai Kepala Desa dan Saipul Azhar sebagi ketua BPD yang beralamat di Desa Pangkul Kecamatan Cambai Kota Prabumulih untuk pengurusan hibah tanah ke Pemerintah/ Instansi terkait dalam hal ini Kementerian Agama Kota Prabumulih.
Tanah yang akan dihibahkan tersebut berada di Desa Pangkul Kecamatan Cambai Kota Prabumulih Prov. Sumatera Selatan, dengan ukuran tanah 14.290 M2 (Empat Belas Ribu Dua Ratus Sembilan Puluh Meter Persegi).
Kepala Kemenag Kota Prabumulih kepada Masyarakat Desa Pangkul berpesan tanah yang dihibahkan tersebut mohon untuk dibangun Madrasah Tsanawiyah Negeri, hal tersebut langsung direspon oleh Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Prabumulih dengan mengundang rapat Pejabat dilingkungan Kantor Kemenag Kota Pabumulih, Kasubbag Tata Usaha, Kasi Pendidkan Madrasah, Pengawas Madrasah, Kepala KUA dan seluruh Kepala Madrasah Negeri se Kota Prabumulih.
Pada tahun pelajaran 2021/2022 MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul telah melaksanakan penerimaan siswa baru dan melaksanakan proses pembelajaran dengan jumlah siswa sebanyak 33 orang, untuk ruang kelas belajar masih menumpang di RKB MAN 1 Kota Prabumulih dikarenakan 2022 MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul belum memulai pembangunan RKB.
Pada tanggal 10 Maret 2022 dimulai pembangunan RKB MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul. pembangunan gedung RKB 2022 MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul di danai oleh infaq seluruh Guru dan Pegawai Kementerian Agama Kota Prabumulih, bantuan masyarakat, wali siswa.
Pembangunan RKB 2022 MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul diatas tanah hibah tersebut adalah pemohonan dari Masyarakat Desa Pangkul, dengan pertimbangan sekolah untuk tingkat Tsanawiyah masih harus keluar desa dan harus ke Kecamatan, hal tersebut mengkhawatirkan para orang tua, karena jarak yang jauh dari tempat tinggal. Dengan berdirinya MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul tersebut para orang tua tidak khawatir lagi karena jarak madrasah sudah dekat dengan lokasi tempat tinggal mereka, disamping hal tersebut pembangunan MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul ini ditinjau dari lokasi sangatlah strategis karena desa pangkul dikelilingi oleh desa desa yang lain yang juga sangat mengharapkan berdirinya RKB MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul di daerah mereka.
Pada tanggal 13 Juli 2022 2022 MTs Negeri 1 Kota Prabumulih Kampus B Desa Pangkul mendapatkan program SBSN (Surat Berharga Syariah Negara) pembangunan RKB 6 lokal , lantai 1 sebanyakl 3 lokal dan lantai 2 sebanyak 3 lokal, dimana pembangunan RKB tersebut di bangun di atas tanah Desa Pangkul Kecamatan Cambai Kota Prabumulih Prov. Sumatera Selatan.
